Tahun 2009 merupakan tahun Pemilihan Umum (pemilu) untuk Indonesia. Pada tanggal 9 April, lebih dari 100 juta pemilih telah memberikan suara mereka dalam pemilihan legislatif untuk memilih anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR). Pada tanggal 8 Juli, masyarakat Indonesia sekali lagi akan memberikan suara mereka untuk memilih presiden dan wakil presiden dalam pemilihan langsung kedua sejak Indonesia bergerak menuju demokrasi di tahun 1998. Jika tidak ada calon yang mendapatkan lebih dari 50 persen suara, maka pemilihan babak kedua akan diadakan pada tanggal 8 September.
Hasil pemilihan anggota DPR pada tanggal 9 April tidak banyak memberikan kejutan. Mayoritas masyarakat Indonesia sekali lagi menunjukkan bahwa mereka lebih memilih partai nasional dibandingkan partai keagamaan. Tiga partai yang mendapatkan jumlah suara terbanyak bukan merupakan partai keagamaan dan mereka adalah Partai Demokrat (PD) dengan 20,8 persen perolehan suara, Golkar dengan 14,45 persen perolehan suara, dan Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) dengan 14,03 persen perolehan suara. Empat partai Islam – Partai Keadilan Sejahtera (PKS), Partai Amanat Nasional, Partai Persatuan Pembangunan (PPP), dan Partai Kebangkitan Nasional (PKB) masing-masing hanya memperoleh 7,88 persen; 6,01 persen; 5,32 persen; dan 4,94 persen suara. Dua partai lainnya (Gerindra dan Hanura), yang juga bukan merupakan partai agama, memperoleh 4,46 persen dan 3,77 persen suara.
Pemilu tanggal 9 April juga mengurangi jumlah partai yang duduk di DPR. Hanya sembilan partai yang disebutkan di atas yang mendapatkan kursi di DPR. Sementara 29 partai lainnya gagal mencapai ketentuan minimum perolehan suara pemilu sebesar 2,5 persen dan tidak mendapatkan kursi di DPR. Hal ini diharapkan mengurangi jumlah partai politik yang akan bersaing untuk pemilu tahun 2014.
Namun dalam hal kualitas pengelolaan pemilu, pemilu April jauh lebih buruk dibandingkan dengan pemilu tahun 1999 dan 2004. Sebagai contoh, jutaan pemberi suara tidak dapat menggunakan hak pilih mereka karena nama mereka tidak terdaftar. Masalah juga ditemukan dalam proses penghitungan suara. Komisi Pemilihan Umum (KPU) tidak bisa sepenuhnya disalahkan dalam hal ini. DPR juga harus bertanggung jawab dalam memilih anggota KPU yang tidak memiliki kompetensi. Penting untuk dicatat bahwa pengelolaan pemilu 2009 yang tidak baik juga disebabkan semakin berkurangnya keterlibatan donor asing dalam membantu proses pelaksanaan.
Namun hasil pemilihan wakil rakyat ini telah meningkatkan kesempatan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) untuk kembali terpilih untuk periode kedua dalam pemilihan presiden yang akan diselenggarakan pada tanggal 8 Juli. “Kemenangan” PD telah meningkatkan kepercayaan diri Presiden SBY, yang tercermin melalui keputusannya memilih profesional di luar partai, ekonom yang disegani, Dr. Boediono sebagai calon wakil presiden. Bahkan pasangan SBY-Boediono jauh lebih populer dibandingkan pasangan presiden dan calon presiden lainnya yaitu Jusuf Kalla-Wiranto dari Partai Golkar dan Partai Hanura dan Megawati-Prabowo dari PDI-P dan Partai Gerindra.
Jika Presiden SBY kembali terpilih, ada satu masalah politik yang akan dihadapi beliau. Tidak ada jaminan bahwa koalisi yang dibentuknya dengan PKS, PAN, PPP dan PKB akan menjadi koalisi yang solid. Walaupun dalam kertas koalisi tersebut dapat merebut 314 tempat duduk di DPR, namun dalam kenyataannya pola koalisi sering berubah sejalan dengan isu dan minat anggota, dan tidak berdasarkan pada “komitmen politik” sebagai mitra koalisi. Sangat mungkin terjadi bahwa anggota koalisi Yudhoyono tidak akan selalu mendukung kebijakan kepemerintahannya. Dengan kata lain, politik Indonesia untuk periode tahun 2010-2014 akan terus dikarakteristikan dengan ketidakpastian. Keinginan untuk memiliki kepemerintahan yang kuat, efektif dan stabil mungkin tidak dapat direalisasikan.